Der Ablauf der Promotion unterscheidet sich je nach Fachrichtung und danach, ob eine individuelle Promotion erfolgt eine Promotion im Rahmen eines Promotionsprogramms An Graduiertenkollegs, Graduiertenschulen und in Promotionsstudiengängen wird die Dissertation in der Regel in enger Abstimmung mit mehreren Betreuern verfasst, bei der Individualpromotion erfolgt nur eine Abstimmung mit dem Erstbetreuer,dem Doktovater. Bei der individuellen Promotion ist der Doktorand stärker auf sich gestellt, der Austausch mit dem Doktorvater ist hier weniger intensiv. Wird die Promotion intern durchgeführt, arbeitet der Doktorand z.B. als wissenschaftliche Hilfskraft am Lehrstuhl, ist der Kontakt zum Doktorvater oftmals enger als bei einer externen Promotion, bei der eine Arbeit am Institut ausscheidet. Bei einer Promotion im Graduiertenkolleg, einer Graduiertenschule oder innerhalb eines Promotionsstudienganges absolviert der Doktorand neben der Dissertation regelmäßige Seminare, Workshops und Kolloquien. Auch bei der individuellen Promotion können Seminare vorgeschrieben sein; dies ist aber selterner der Fall.

Die Dauer der Promotion sowie der Umfang der Doktorarbeit unterscheiden sich von Fachbereich zu Fachbereich. Durchschnittlich promovieren Doktoranden in Deutschland viereinhalb Jahre. Während eine Dissertation im Fach Medizin vom Umfang oft einer Bachelorarbeit gleicht, kann sie in anderen Fachrichtungen mehrere 100 Seiten umfassen. Nach Abschluss der Dissertation wird diese beim Prüfungsamt der Universität eingereicht. Das Prüfungsamt leitet die Arbeit an den Betreuer (Erstgutachter) und an den Zweitgutachter weiter. Diese müssen die Promotion bewerten.

Die Promotion setzt auch das erfolgreiche Bestehen einer mündlichen Prüfung voraus. Diese findet entweder in Form eines Rigorosums oder einer Disputation statt. Bei der Disputation handelt es sich um ein wissenschaftliches Streitgespräch, in dem der Doktorand die Thesen bzw. das Ergebnis seiner Dissertation verteidigt. Das Rigorosum ist eine mündliche Prüfung, die ebenfalls das Dissertationsthema, aber auch weitere Fragestellungen allgemeiner Art aus dem Studium zum Gegenstand hat. Die Noten aus mündlicher Prüfung und Dissertation ergeben die Gesamtnote. Nach Benotung von mündlicher Prüfung und Dissertation ist das Promotionsverfahren abgeschlossen. Der Doktortitel darf erst geführt werden, wenn die Dissertation veröffentlicht wurde, wozu meist nochmals eine Überarbeitung erfolgt.

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